Pražská kanalizační síť má poměrně dlouhou historii. První objekt, který se začal zbavovat splaškové vody, byl klášter premonstrátů na Strahově. Při budování v polovině 12. století byla nejen přivedena pitná voda, ale také vybudována odvodňující stoka. Praha byla během středověku, stejně jako snad většina evropských měst, zahlcena nečistotami všeho druhu. Odpadní vody přetékaly přímo do ulic, včetně chlévů a žump. Všude se hromadil hnůj, odpadky nebo dokonce mršiny zvířat.
V roce 1310 byla vystavěna stoka, která odváděla odpadní vodu z Proboštova domu v dnešní Nerudově ulici. Není však známo, kam tato stoka vedla. Další zmínkou o prvních pokusech o kanalizaci nám dali Jezuité při odvodnění Klementina v roce 1673. Stoka byla vedena přímo do Vltavy, odpadní vody v ní byly ředěny zbytkovou vodou z kašen.
První opravdu větší modernizace přišla v roce 1787 podle projektu Leonarda Hergeta. Práce se však dosti táhly. Především z finančních důvodů. Část prací si totiž museli hradit i majitelé domů, kteří se měli na kanalizaci připojit. O faktické dokončení první pražské kanalizace se postaral purkrabí Karel Chotek. Kanalizace byla vyústěna přímo do Vltavy téměř čtyřiceti výpusťmi. Do roku 1828 bylo postaveno více 40 kilometrů stok. Kanalizace z technologického hlediska vypadala úplně jinak, než ta dnešní. Sklon nebyl vždy počítán správně, typické bylo ploché dno, obyčejné cihly nebo kamení, hlína místo malty a tak podobně. Kanalizace bylo samozřejmě hned od počátku taky nutné čistit. Nejprve je čistili pohodní (likvidátoři uhynulých zvířat), ale postupem času vznikla koncesovaná živnost průtočnická.
V 19. Století se Praha začala přetvářet na moderní evropské velkoměsto. Byla jasné, že je potřeba také změnit urbanistické a hygienické poměry. Život v Praze začala také ohrožovat stále silnější průmyslová výroba. Kanalizace již přestávala stačit, navíc časté povodně ji začaly postupně devastovat. Vybudování nové kanalizační sítě bylo pro Prahu zcela nezbytné. V roce 1865 vznikl Úřad stavební a hospodářský a správa kanalizací se stala jeho součástí. Tehdy byly započaty rozmluvy a jednání o podobě nové kanalizační sítě. Byl proto vytvořen Komitét pro řešení kanalizačních problémů s hlavním úkolem navrhnout nové řešení odkanalizování tehdejší pražské aglomerace. Sešlo se celkem 5 projektů. Rada však nedoporučila k realizaci ani jeden z nich. Bylo tedy potřeba zajistit projekt nový, který splní všechny kladené požadavky. To se povedlo až dr. Hobrechtovi a ing. Kaftanovi. Jejich návrh rada jednomyslně přijala.
Návrh řešil odvodnění území o velikosti 1651 hektarů a neobsahoval řešení čištění odpadních vod. Zvedla se však značná vlna nevole od spousty architektů a inženýrů. Dokonce vznikl separátní (soukromý) projekt, který nebylo možné z politických důvodů ignorovat. Oba návrhy byly porovnány. Byl vybrán stavební rada Frankfurtu nad Mohanem anglický inženýr William Heerlein Lindley. Ten to udělal, jak se říká fikaně. Nedoporučil ani jeden z projektů, ale navrhl, že vypracuje svůj vlastní, včetně čistírny odpadních vod. V roce 1893 předal návrh radě se všemi podrobnostmi. Celé odvodnění bylo rozděleno na soustavu A a B. Celá kanalizace měla vzniknout z cihel, což opět vyvolalo rozruch u cementáren, které poukazovaly na vídeňské betonové řešení, které bylo navíc levné. V projektu jsou také uvedeny parametry mechanické čistírny odpadních vod. Bylo rozhodnuto, že tento návrh zvítězil. Stavba byla oficiálně zahájena v roce 1898. Postupně začaly vznikat dva hlavní sběrače. V roce 1906 byl zahájen zkušební provoz čistírny odpadních vod. Toho dne začala nová pražská kanalizace fakticky fungovat. Ten den bylo otevřeno stavidlo kmenové stoky A a odpadní voda se začala dostávat do čistírny. Do půl roku byly odstraněny všechny porodní bolesti a kanalizace začala zcela plnit svou myšlenou funkci.
Jak se Praha poměrně rychle rozrůstala, bylo již po roce 1920 jasné, že bude potřeba dalšího rozšíření stok. Bylo také zřejmé, že čistička v Bubenči již brzy překročí své kapacity. I proto vzniklo celkem 15 návrhů na nové čistírny odpadních vod. Řešení se protahovalo, a proto prošla v roce 1927 bubenečská čistírna rekonstrukcí se zvýšením kapacity čistícího procesu. Místo nové čistírny pak byla vybudována shybka pod Vltavou pro převedení odpadních vod do smíchovských sběračů.
Další kapitola se začala psát po roce 1950 díky masivní bytové výstavbě na území Prahy. Bubenečská čistírna nebyla ani po další rozsáhlé rekonstrukci v roce 1947 schopna pojmout narůstající objem odpadních vod. Dokonce nastala situace, kdy část neočištěných vod byla vypouštěna přímo do Vltavy. Po roce 1954 padlo rozhodnutí o výstavbě nové Ústřední čistírny odpadních vod hl. m. Prahy, kterou se město rozhodlo situovat na Císařském ostrově. V roce 1955 byla vystavěna shybka pro Pravý břeh Vltavy. Nová ústřední čistírna odpadních vod byla slavnostně otevřena v roce 1966. Původní čistírna v Bubenči byla po šedesáti letech provozu odstavena.